Programos AIVA 9001 ATLYGINIMAI modulis  paskaičiuoja pagal numatytus įkainius kiekvienam darbuotojui už nustatytą periodą-standartiškai mėnesį, atlyginimo dydį nuo išdirbio. Taip pat galima pažiūrėti pasirinkto padalinio, darbuotojo ar tam tikro užsakymo (projekto)  paskaičiuotą darbo užmokestį nuo išdirbio už pasirinktą periodą.

Atlyginimas nuo išdirbio darbuotojui skaičiuojamas toms veikloms, kurias atliko darbuotojas. Tos veiklos programoje yra sekančios:

?          Pardavimas

?          Darbų vykdymas

?          Gamybos operacijų vykdymas.

?          Vadovavimas

?          Pirkimas

?          Klientų paieška

Kiekviena veikla skaičiuojama pagal skirtingą metodiką. Vienas darbuotojas gali atlikti vieną , dvi arba kelias veiklas. Jei atliekamos kelios veiklos, programa paskaičiuoja atlyginimo nuo išdirbio dydį kiekvienai veiklai ir sumarinį atlyginimą nuo išdirbio.

Pardavimo vadybininkams programa suskaičiuoja atlyginimo nuo išdirbio dydį priklausomai nuo parduotų prekių antkainio, t.y. nuo skirtumo tarp prekių kainos ir savikainos (prekės čia suprantamos plačiąja prasme- prekės, gaminiai, darbai) ir procento nuo pelno kuris skiriamas darbuotojui.

Pardavimas priskiriamas darbuotojui, jei jis padarė užsakymą.

Užsakymas laikomas įvykdytų, kuriam išrašyta PVM sąskaita faktūra iš kurios imama prekės savikaina ir pardavimo kaina.

Pardavimo vadybininkams programa ima duomenis iš AIVA  Prekių apskaitos modulio tuos užsakymus, kuriems ataskaitinį periodą buvo išrašytos PVM sąskaitos faktūros.

Darbų vykdytojams (pav. Konstruktoriams) programa paskaičiuoja atlyginimo dydį nuo išdirbio imdama visiems įvykdytiems užsakymas darbuotojo atlikto darbo numatyta tarifą ir dauginamam iš darbo kiekio- dažniausiai iš numatyto užsakyme valandų skaičiaus. Atliktas darbas laikomas toks, kuriam išrašyta PVM sąskaita faktūra.

Darbų vykdytojų atlyginimo paskaičiavimo duomenis programa ima iš AIVA  Paslaugų modulio, imdama tuos darbus, kuriems ataskaitinį periodą išrašytos sąskaitos faktūros.

Gamybininkams programa paskaičiuoja atlyginimą imdama atliktų gamybinių operacijų kiekį ir daugindama jį iš operacijos įkainių.

Gamybinė operacija laikoma atlikta, kai apie jos atlikimą įvesta data (priešingai negu pardavimo ir darbų atlikimo atlyginimo skaičiavimuose nebūtina kad užsakymui būtų išrašyta PVM sąskaita faktūra.

Duomenys atlyginimų paskaičiavimui gamybiniams programa ima iš AIVA  Gamybos modulio darbų priskyrimo vykdytojams įrašų. Imami priskirti darbai, kurie turi įvykdymo datą ataskaitiniu laikotarpiu.

Vadovams už vadovavimą tam tikram padaliniui atlyginimas paskaičiuojamas imant tam tikrą procentą nuo priskaičiuoto vadovaujamam padaliniui darbo užmokesčio.

Taikant šią metodiką, vadovas suinteresuotas kad jo vadovaujami darbuotojai padarytų daugiau ir tuo pačiu daugiau uždirbtų. Tada ir vadovas uždirba daugiau. Jei vadovas kartu yra ir vykdytojas, tada jam papildomai priskaičiuojama ir už jo vykdymo funkcijas taip pat kaip ir kitiems darbuotojams.

Pirkimų vadybininkams darbo užmokestis paskaičiuojams analogiškai kaip ir pardavimo vadybinkams, tik imami tie įvykdyti klientų užsakymai, kuriems pirkimo vadybininkas užsakė prekes.Taip pirkimo vadybinkas tam ekonomiškai suinteresuotas ieškoti pigiausių prekių ir medžiagų attinkančių įmonės kokybės reikalvimus, bei derėtis su tiekėjais dėl mažesnės kainos.

Klientų paieškos vadybininkams, kurie patys neparduoda prekių ir paslaugų, o tik ieško klientų , kuriuos suradus perduoda Pardavimo vadybininkams, darbo užmokestis paskaičiuojamas nuo surastų klientų skaičiaus. Surastas klientas fiksuojamas programoje  kaip Paklausimas , kurį užregistravo Klientų paieškos vadybininkas ir perdavė Pardavimo vadybininkui ir tokiam paklausimui Pardavimo vadybininkas užregistravo programoje Užsakymą. Duomenys klientų paieškos vadybininko darbo užmokesčio paskaičiavimui imami iš AIVA 9001 programos CRM modulio. Darbuotojų žinyne darbuotojui, vykdančiam klientų paiešką, turi būti įvestas kliento suradimo įkainis. Skirtingiems darbuotojams, kurie ieško skirtingo lygio klientų, gali būti įvesti skirtingi įkainiai.